С конца июня 1941 г. до конца июня 1944 г. деревня была оккупирована фашистскими захватчиками.

Летом 1942 года, сформированные партизанские соединения, начали действия против захватчиков, совершая частые диверсии по подрыву машин на шоссе Бобруйск – Могилев. После одной из таких диверсий 15 июня 1942 года в деревню нагрянул карательный отряд штурмбанфюрера СС Оскара Пауля Дирлевангера. В результате, немецкие каратели полностью сожгли деревню, убили 486 жителей. В братской могиле, что в центре деревни, захоронено 1800 жителей.

На рассвете немцы окружили д. Борки. Каратели стали выгонять из домов население и выводить на окраину поселка. Затем силой заталкивали в каждый дом по 8 человек, клали их на пол в два ряда по 4 человека, голова к голове, лицом вниз и из автоматов расстреливали. Не щадили ни стариков, ни детей.

Закончив расстрел, немцы обложили дома соломой и подожгли. Во всех других поселках оккупанты просто заходили в дом и всех расстреливали. Старших убивали разрывными пулями, а младших поднимали на штыки, чтобы не тратить патроны. Закончив расправу, к середине дня, каратели подожгли 6 оставшихся поселков. На месте деревень виднелись лишь остовы сожженных домов, вокруг – обугленные человеческие трупы, в колодцах – тела убитых. Это была одна из самых массовых карательных акций, направленная против мирных жителей в годы Великой Отечественной войны на оккупированной фашистскими захватчиками территории.

В Национальном архиве Беларуси сохранилось донесение командира батальона Оскара Дирлевангера от 16 июня 1942 года:

«Высшему начальнику СС и полиции г. Могилева. Вчерашняя операция против деревни Борки прошла без соприкосновения с противником. Деревня сразу же была окружена и занята. Жители, которые пытались бежать, — расстреляны, в том числе, трое вооруженных. Обыск показал, что речь идет о партизанской деревне. Почти никого из мужчин в деревне не оказалось, очень мало лошадей и без повозок...».

Историки утверждают, что в составе карательной операции в Борках, наряду с немцами, находился взвод коллаборационистов и подразделение местного фольксдойче из Кличева Августа Барчке, которого все называли Барчик, — до появления в батальоне Дирлевангера начальника полиции в Кличеве (весной 1942 года этот полицейский гарнизон разгромили партизаны). Свидетели сообщали, что каратели Дирлевангера были одеты в немецкую форму, но разговаривали на разных языках.

Особой команде СС Дирлевангера поручалась охрана шоссе Могилев — Бобруйск. Но случилось чрезвычайное происшествие — погибли летчики и была уничтожена эсэсовская команда СД с полицейскими. Дирлевангеру требовалось искупить свою вину. Партизан в лесу поймать невозможно, и нацисты за нападение на своих солдат применяли метод коллективной ответственности жителей окрестных деревень. Поэтому с такой жестокостью были уничтожены Борки с прилегающими поселками. Обычно после партизанских акций жители близлежащих к ним деревень уходили в лес. Но в Борках ничего не знали об уничтожении летчиков, никакой опасности для себя не видели, и все оставались дома.

Сколько точно сельчан погибло, уже невозможно установить, но не менее 1800 человек. Российские историки Д. Жуков и И. Ковтун ссылаются на донесение Дирлевангера об акции в Борках, в котором указывается: «расстреляно жителей — 1112, плюс ликвидировано СД — 633. Всего: 1745. Расстреляно при попытке к бегству — 282. Общее количество: 2027».

Выходит, по нацистским подсчетам, жертв было больше, чем обычно думали. Возможно, в Борках находились люди из соседних деревень.

О том, что каратели перед расстрелом в домах пересчитывали своих жертв, рассказывал и уцелевший свидетель из д. Борки Михаил Федосович Сакадынец, 1928 года рождения. Тот день стал последним для его матери, сестры, братьев, племянников. Сам он чудом остался жив. Из воспоминаний М. Сакадынца:

 «...Дома сестра Анна оставалась с детьми. Два моих брата — Иван, с 1924 года, и Василь, с 1920 года. Третий брат, Николай, был маленький — с 1938 года. Мама понесла гладыш с молоком нашим родственникам. А я вслед выскочил — к хлопцам на другую улицу. Там тоже Сакадынцы жили. У них сын Володя, с 1925 года. Я хотел пойти сховаться: мы боялись, что детей забирают в Германию. Володя говорит: пойдем сховаемся на купник — так у нас часть озера называлась. Стали одеваться. Я возле окна, что от улицы, сел. Глядь — немцы стоят у калитки. Володя ботинки бросил и так остался сидеть. Хозяйка и девочка, их племянница из другой деревни, — на запечку. Хозяин рядом со мной сидел на скамейке. И была старушка из Пролетарского. Зашли два человека в немецкой зеленой форме с карманами — в пилотках, с винтовками. Один сухообразный, выше среднего роста. Второй низкого роста, плотный, с животом. Сухообразный посчитал нас. И оба они в нас с хозяином выстрелили. На мне был надет пиджак брата. Так я тем пиджаком отвернулся и упал вместе с хозяином со скамейки. Они хозяину как дали в голову... Оба. Мозги и кровь попали мне на плечо. Все кровью залито было. Они подумали, что и меня убили. Я лежал и не дрыгался, а они других били. Когда я пришел в себя, их уже не было в хате. Только жена хозяина еще ойкала. Смотрю — хозяин лежит боком. Володя лежит на койке, и к стене отвернулся. Хозяйка и старушка — на запечку: хозяйка одну руку закинула на старушку, а вторую — на племянницу. Она не упала, а ноги свисали у нее... Девочка была к стенке повернута. Все убитые.

Когда я уходил из дома, видел, как полицаев с семьями эсэсовцы вели. Оказывается, их всех загнали в школьный сарай и сожгли живьем. Посчитали, что партизанам помогали. Мама, куда молоко понесла, там и осталась... Нашел трупы детей сестры, а ее саму не нашел. В доме сгорели. Брат Иван ночевал у соседа — тоже не знаю, где погиб. А Василь возле школьного двора лежал убитый — плечи были обгоревшие. Кости их закопали на кладбище. Хоронить некому было. Потом я пошел в партизаны...»

О том, что происходило в тот день и как каратели уничтожили Борки и шесть поселков, говорится в документе, составленном сразу после освобождения местности от фашистов.

Из акта от 29 июня 1944 года, составленного военным следователем майором юстиции Мазниченко:  «...В Закриничье каратели всех начали выгонять из домов на окраину поселка, загоняли в каждый из домов по 8 человек, заставляли ложиться на пол в ряд по 4 человека, второй ряд — головы к головам первого ряда. Затем из автоматов расстреливали лежащих людей. Закончив свое злодеяние, переходили в другой дом. И так расстреляли всех — и старых и малых. Потом эсэсовцы принесли солому и зажгли поселок. В остальных 6 поселках заходили в дом и, ничего не говоря, всех без разбора расстреливали. Закончив свою кровавую расправу к середине дня, подожгли все поселки, в пожаре сгорели и убитые люди».

От зверств, учиненных захватчиками, уцелели около 50 человек. Некоторые из них умерли уже в лесу, где прятались вплоть до освобождения. Жили на болоте в куренях, питались травой, грибами, ягодами.

Оставшиеся в живых жители д. Борки осенью 1942 года построили себе жилые дома. Немцы вновь их сожгли. Так происходило трижды. Затем все ушли в ближайшие леса и там оставались до прихода Красной Армии.